डॉन बॉस्को सेल्सियन एसोसिएशन ने 1971 में फ्रांसिस्को मैरक्विन यूनिवर्सिटी के साथ एक अकादमिक सहयोग समझौते पर हस्ताक्षर किए। 1972 में शुरू हुए, डॉन बॉस्को सेल्सियंस ने फ्रांसिस्को मार्कोविन विश्वविद्यालय द्वारा समर्थित मानवतावादी कार्यक्रमों का विकास किया। करियर, विभाग और संकाय बनाए गए। इन कार्यक्रमों में उल्लेखनीय हैं: शिक्षा और शिक्षा विज्ञान में शिक्षक, धर्मशास्त्र में शिक्षक, अंग्रेजी में शिक्षक और इतिहास में शिक्षक। संचार विज्ञान संकाय के महान विकास थे और सामाजिक संचार में तकनीशियन और विज्ञान स्नातक, विज्ञापन और बैचलर ऑफ रेडियो और टेलीविजन उत्पादन की विशिष्टताओं को स्थापित किया गया था। वहां Mesoamerican University की शुरुआत हुई।
विश्वविद्यालय के अनुभव और विकास को प्राप्त करने का लाभ उठाते हुए, एक नए विश्वविद्यालय की स्थापना के लिए प्रक्रियाएं 1996 में शुरू हुईं। अक्टूबर 1999 में, ग्वाटेमाला की उच्च निजी शिक्षा परिषद द्वारा Mesoamerican University को मंजूरी दी गई थी। 2000 में, नए विश्वविद्यालय ने मानव और सामाजिक विज्ञान और सामाजिक संचार विज्ञान के संकायों के साथ काम करना शुरू किया। एक साल बाद, ग्वाटेमेले एसोसिएशन ऑफ मैनेजर्स के साथ एक रणनीतिक गठबंधन में, ईएसएजी, एस्कुला सुपीरियर डी अल्टा गेर्सनिया को मास्टर डिग्रीज़ सिखाने के लिए बनाया गया था। 2002 में, क्वेटज़ेल्टैंगो शहर के 15 करियर को Mesoamerican University हिस्से के रूप में मिला दिया गया था। 2003 में, चिकित्सा संकाय को मुख्यालय में अधिकृत किया गया था।